Ανάμεσα στους υγροτόπους που αντιμετωπίζουν σημαντικά προβλήματα συρρίκνωσης είναι ο Αλμυρός Ηρακλείου, το έλος Γεωργιούπολης και το εκβολικό σύστημα του Αποσελέμη ποταμού ενώ μέρα με την μέρα προστίθενται και άλλοι όπως οι αλμυρόβαλτοι τού Κουρεμένου και η εκβολή του ρέματος Ανδρόμυλου στο νομό Λασιθίου, οι εκβολές του Αναποδάρη, του Καρτερού, του Ξηροπόταμου και του Γαζανού στο Ηράκλειο, ο ρύακας Επισκοπής, το έλος Φραγκοκάστελλου και η εκβολή του ρέματος Κατσάρι στο Ρέθυμνο καθώς και όλοι σχεδόν οι υγρότοποι στις βόρειες ακτές του νομού Χανίων.
Φωτεινή -όσο και ελπιδοφόρα- εξαίρεση σε αυτή την φθίνουσα πορεία αποτελεί ο υγρότοπος του ποταμού Μορώνη όπου ο δήμος Σούδας με την πλήρη υποστήριξη των κατοίκων της περιοχής και του WWF Ελλάς ξεμπαζώνει ένα μεγάλο τμήμα του υγροτόπου ώστε να αποκατασταθεί οικολογικά.
Δυστυχώς η διαχείριση των υδατικών πόρων του νησιού είναι εξαιρετικά κακή και οι έλεγχοι σχεδόν ανύπαρκτοι. Η προστασία και η βιώσιμη διαχείριση των υδατικών/υγροτοπικών πόρων υφίστανται μόνο ως όροι.
«Ακόμα δεν μπορούμε να είμαστε αισιόδοξοι για το μέλλον των υγροτόπων της Κρήτης. Ήδη έχουμε καταγγείλει περισσότερες από 40 περιπτώσεις σοβαρής υποβάθμισης υγροτόπων μέσα σε ένα χρόνο» τονίζει ο υπεύθυνος του προγράμματος των νησιωτικών υγροτόπων Καλούστ Παραγκαμιάν συμπληρώνοντας «Οι θέσεις και τα όρια των υγροτόπων που έχουμε απογράψει έχουν ήδη αποσταλεί στις Νομαρχίες και την Περιφέρεια ώστε να προστατευτούν στα πλαίσια των ΓΠΣ. και των ΣΧΟΟΑΠ. Έλαβαν λοιπόν τα δεδομένα, θα λάβουν και το μήνυμα;»
Σημειώνεται ότι, με το πρόγραμμα «Προστασία των νησιωτικών υγροτόπων της Ελλάδας» το WWF Ελλάς έδειξε ότι υπάρχει ένα μοναδικό δίκτυο 806 υγροτόπων (613 φυσικοί και 193 τεχνητοί) μεγαλύτερων του ενός στρέμματος που βρίσκονται σε 80 νησιά (485 υγρότοποι σε 67 νησιά του Αιγαίου, 200 υγρότοποι στην Κρήτη και σε 2 δορυφορικά νησιά αυτής και 121 σε 10 νησιά του Ιόνιου Πελάγους). Η οργάνωση έχει αναλάβει μια σειρά πρωτοβουλιών για την ανάδειξη της σημασίας και της αξίας τους για να σταματήσει την υποβάθμισή τους.